The wind waker se passa anos após de twlight princes O antecessor do Phantom Hourglass. Contém gráficos similiares aos de Wind waker. Em The Wind Waker a historia se passa quando o jovem Link, morador de Outside Island,vai atrás de sua irmã, recém capturada por um Helmaroc (pássaro gigante) na temida Forsaken Fortress. Wind Waker se passa a centenas de anos após os acontecimentos de Ocarina of Time, em que Hyrule foi naufragada, isto é, os Deuses inundaram Hyrule para manter o Selo do Ardiloso vilão da série, Ganondorf. Quando o mar tomou conta de toda a Hyrule, ele se transformou no Great Sea, que é por onde Link navega. A lenda do heroi do Tempo, havia prevalecido e em uma certa ilha, como tradição era normal garotos vestirem gorros e tunicas verdes quando chegam a uma certa idade. Esse foi o caso de Link que no seu aniversario veste essas roupas e presencia um enorme passaro deixando uma pirata clandestina chamada Tetra cair na grande floresta. Logo mais é revelado Tetra como a Princesa Zelda.

Quando sua irmã é levada a Ganondorf, Link se Junta ao rei de Hyrule em forma de barco falante, conhecido como King of Red Lions e juntos eles buscam achar a Master Sword (espada mestra) para derrotar Ganondorf. Nessa busca eles encontram os espiritos do fogo (poder),água (sabedoria) e o da floresta (coragem), conhecidos como Jabul, Valoo e Deku Tree, ambos contém as pérolas que libertaram a Master Sword do pedestal. Sabendo de uma nova tragédia, Link precisa achar Dois Sábios, o da Terra e do Vento para completar o poder que falta na Master Sword e em fim desafiar Ganondorf.

Na Historia de Phantom Hourglass, Link e os piratas de Tetra estão em busca de uma nova Hylure protegida pela Triforce,quando eles encontram um navio quebrado. Então Tetra vai explora-lo e acaba sendo atacada. Quando Link tenta salva-la fica inconsciente. Em frente a uma ilha Misteriosa, Link encontra uma fada, da qual o ajudara no resto de sua missão. Link viaja pelo Grande oceano ao lado do capitão Linebeck. Nesta aventura Link precisa salvar Tetra do navio Fantasma avistado no inicio do Jogo e conseguir a lendária Phantom Sword, juntando os trêsmetais preciosos, para derrotar Bellum.A cada dungeon Link precisa salvar alguns espiritos para em fim derrotar o monstro e libertar o Rei do Oceano.

Lançamento:01 de outubro de 2007