Em oposição dos temas orientais de Mortal Kombat e Mortal Kombat II, o tema de MK3 e muito mais contemporâneo. O jogo possui arenas em locais modernos, três personagens são robôs, e alguns personagens tiveram sua aparência reformulada (como Sub-Zero e Kano) e tiveram modificações modernas. O jogo é muito mais sombrio que os antecessores. Os personagens são totalmente digitalizados (e não mais híbridos digitalizados/desenhados como o estilo de Mortal Kombat II.). Muitos dos cenários de fundo, pela primeira vez, usam gráficos em 3D. A trilha sonora apresenta uma instrumentação moderna e não mais os temas orientais dos primeiros dois jogos. O jogo recebeu varias criticas por causa da falta de atenção em relação a arte do jogo.

Com as constantes derrotas no torneio, Shao Kahn que foi derrotado pelos guerreiros da luz no torneio de Outworld, resolveu colocar em prática seu velho plano. Ele com a ajuda de seus Shadow Priests, liderados por Shang Tsung, ressuscitaram a Rainha Sindel, que teve uma morte prematura. Mas ela não ressuscitou em Outworld e sim em Earthrealm, fazendo com que Shao Kahn atravessasse as linhas divisórias e fosse recuperar sua rainha.

Quando Sindel reencarnou em Earthrealm, Shao Kahn cruzou as dimensões para encontrá-la fazendo com que Earthrealm se tornasse parte de Outworld, matando bilhões de pessoas instantaneamente. Poucos foram poupados, tendo Raiden como protetor de suas almas. Ele advertiu Shao Kahn para que parasse, mas não poderia interferir, devido ao seu status. Ele não teria poder em Outworld, e em Earthrealm, que estava parcialmente emergida em Outworld.

Shao Kahn formou esquadrões de extermínio para rastrear e matar qualquer sobrevivente em Earthrealm. Sendo Raiden protetor apenas da alma e não do corpo, foram escolhidos alguns guerreiros para lutar contra os esquadrões de extermínio e expulsar Shao Kahn.

Lançamento : 1995
Plataforma : Super Nintendo, Sega Mega Drive, Game Boy, Sega Game Gear, Sega Master System, PlayStation, PC