Depois de que Shao Kahn invadiu Earthrealm, ele foi confrontado por Raiden, que venceu. Raiden empurrou Kahn dentro de um portal. No mesmo tempo, na Terra, Superhomem é visto parando uma invasão dos Apokoliptian dirigida por Darkseid por mandando o Deus Apokoliptian dentro de um Boom tube. Esses atos não os destroem, mais fazem com que os corpos dos dois se juntem, criando um novo monstro, conhecido como Dark Khan.
O Rage Mode é um modo onde o personagem fica mais forte, e não pode ser parado por ataques a distância (raio laser do Super-Homem, por exemplo). Esse modo dura exatos seis segundos, para ativá-lo deve-se encher uma barrinha, sendo apanhando ou batendo no oponente. Na história o jogo, Rage é uma influência de Dark Kahn sobre os outros personagens, que os fazem perder a razão e confundir qualquer um com seus inimigos, Dark Kahn usa para que os personagens se enfrentem.

O Freefall Kombat, presente na maioria dos cenários, é um modo especial onde você luta enquanto cai de altas distância, lembrando os já extintos Stage Fatalities. Cada personagem tem direito a um Special Move próprio enquanto está neste modo.
O Klose Kombat é semelhante ao Freefall Kombat, cada personagem tem golpes próprios e um ataca enquanto o outro se defende.
O Test Yout Might é um modo que o jogador usa o inimigo como escudo para quebrar várias paredes, mas não é muito visto, pois somente poucas arenas tem este recurso.

Plataforma:PlayStation 3 , Xbox 360
Lançamento:16 de novembro de 2008