Todos os personagens que tiveram participação nos jogos anteriores apareceram em Mortal Kombat Trilogy. Rain e Noob Saibot são selecionáveis pela primeira vez com todos os seus golpes, combos e finalizações. Mortal Kombat Trilogy trouxe de volta personagens como Baraka, Johnny Cage, Raiden, e as versões clássicas dos personagens Jax, Kung Lao, Kano, and Raiden (mas sem histórias ou finais). Os chefes Motaro, Shao Kahn, Goro e Kintaro aparecem como personagens selecionáveis (mas também sem histórias ou finais). Um novo personagem secreto é inserido. Esse personagem conhecido como Chameleon, é a união de todos os ninjas do jogo (Classic Sub-Zero, Scorpion, Noob Saibot, Human Smoke, Rain, Reptile e Ermac). Ele é parecido com qualquer ninja masculino, mas Chameleon muda sua cor aleatoriamente, usando os golpes especiais do ninja de mesma cor que ele estiver. Ele se torna selecionável via seqüencia de botões. Chameleon não tem história ou final.

Na versão do Nintendo 64, devido a limitações no espaço do cartucho, foram excluídas as versões clássicas de Jax, Kung Lao, Kano e Raiden, assim como Goro e Kintaro. Motaro e Shao Kahn só podem ser selecionados via código secreto. Essa versão combina os dois tipos de Sub-Zero em um. Chameleon é substituído por Khameleon, sua versão feminina. Diferente da versão masculina, Khameleon não muda de cor durante a luta, mas seu nome na barra de energia muda para azul, roxo e verde, indicando de qual das ninjas femininas (Kitana, Mileena e Jade) ela está pegando os golpes especiais no momento. Khameleon tem sua própria história e um final.

Plataforma : Nintendo 64, PC, PlayStation, Saturn
Lançamento : 1996